¿Cómo hacer una unión en linq a sql con sintaxis de método?

Justin ha mostrado correctamente la expansión en el caso en el que la unión es seguida por un select. Si tienes algo más, se vuelve más complicado debido a identificadores transparentes - el mecanismo que el compilador de C# usa para propagar el alcance de ambas mitades de la combinación.

Así que para cambiar ligeramente el ejemplo de Justin:

var result = from sc in enumerableOfSomeClass
             join soc in enumerableOfSomeOtherClass
             on sc.Property1 equals soc.Property2
             where sc.X + sc.Y == 10
             select new { SomeClass = sc, SomeOtherClass = soc }

Se convertiría en algo como esto:

var result = enumerableOfSomeClass
    .Join(enumerableOfSomeOtherClass,
          sc => sc.Property1,
          soc => soc.Property2,
          (sc, soc) => new { sc, soc })
    .Where(z => z.sc.X + z.sc.Y == 10)
    .Select(z => new { SomeClass = z.sc, SomeOtherClass = z.soc });

El z aquí está el identificador transparente, pero como es transparente, no se puede ver en la consulta original:)

Para agregar a las otras respuestas aquí, si desea crear un nuevo objeto de un tercer tipo diferente con una cláusula where (por ejemplo, una que no es su objeto Entity Framework) puede hacer esto:

public IEnumerable<ThirdNonEntityClass> demoMethod(IEnumerable<int> property1Values)
{
    using(var entityFrameworkObjectContext = new EntityFrameworkObjectContext )
    {
        var result = entityFrameworkObjectContext.SomeClass
            .Join(entityFrameworkObjectContext.SomeOtherClass,
                sc => sc.property1,
                soc => soc.property2,
                (sc, soc) => new {sc, soc})
            .Where(s => propertyValues.Any(pvals => pvals == es.sc.property1)
            .Select(s => new ThirdNonEntityClass 
            {
                dataValue1 = s.sc.dataValueA,
                dataValue2 = s.soc.dataValueB
            })
            .ToList();
    }

    return result;

}    

Preste especial atención al objeto intermedio que se crea en las cláusulas Where y Select.

Tenga en cuenta que aquí también buscamos cualquier objeto unido que tenga una propiedad1 que coincida con uno de los de la lista de entrada.

Sé que esto es un poco más complejo que lo que el asker original estaba buscando, pero con suerte ayudará a alguien.