¿Qué significa (function (function) {})(jQuery);?

En el nivel más básico, algo de la forma (function(){...})() es un literal de función que se ejecuta inmediatamente. Lo que esto significa es que ha definido una función y la está llamando inmediatamente.

Esta forma es útil para ocultar y encapsular información, ya que cualquier cosa que defina dentro de esa función permanece local a esa función e inaccesible desde el mundo exterior (a menos que la exponga específicamente, generalmente a través de un literal de objeto devuelto).

Una variación de esto la forma básica es lo que ves en los complementos de jQuery (o en este patrón de módulo en general). Por lo tanto:

(function($) {
  ...
})(jQuery);

Lo que significa que estás pasando una referencia al objeto jQuery real, pero se conoce como $ dentro del alcance del literal de la función.

El tipo 1 no es realmente un plugin. Simplemente estás asignando un objeto literal a jQuery.fn. Normalmente se asigna una función a jQuery.fn ya que los plugins suelen ser solo funciones.

El tipo 2 es similar al Tipo 1; realmente no estás creando un plugin aqui. Simplemente estás agregando un objeto literal a jQuery.fn.

Type 3 es un plugin, pero no es la mejor forma ni la más fácil de crear uno.

Para entender más acerca de esto, echa un vistazo a esta pregunta similar y respuesta. También, esta página entra en algunos detalles sobre la creación de plugins.

Un poco de ayuda:

// an anonymous function
  
(function () { console.log('allo') });

// a self invoked anonymous function

(function () { console.log('allo') })();
  
// a self invoked anonymous function with a parameter called "$"
  
var jQuery = 'I\'m not jQuery.';

(function ($) { console.log($) })(jQuery);

Tipo 3, para trabajar tendría que tener este aspecto:

(function($){
    //Attach this new method to jQuery
    $.fn.extend({     
        //This is where you write your plugin's name
        'pluginname': function(_options) {
            // Put defaults inline, no need for another variable...
            var options =  $.extend({
                'defaults': "go here..."
            }, _options);

            //Iterate over the current set of matched elements
            return this.each(function() {

                //code to be inserted here

            });
        }
    }); 
})(jQuery);

No estoy seguro de por qué alguien usaría extend over simplemente estableciendo directamente la propiedad en el prototipo de jQuery, está haciendo lo mismo exactamente solo en más operaciones y más desorden.

Solo una pequeña adición a la explicación

Esta estructura (function() {})(); se llama IIFE (Expresión de Función Invocada inmediatamente), se ejecutará inmediatamente, cuando el intérprete alcance esta línea. Así que cuando estás escribiendo estas filas:

(function($) {
  // do something
})(jQuery);

Significa, que el intérprete invocará esta función inmediatamente, y pasará jQuery como parámetro, que se utilizará dentro de la función como $.

En realidad, este ejemplo me ayudó a entender lo que significa (function($) {})(jQuery);?

Considere esto:

// Clousure declaration (aka anonymous function)
var $f = function (x) { return x*x; };
// And use of it
console.log($f(2)); // Gives: 4

// An inline version (immediately invoked)
console.log((function (x) { return x*x; })(2)); // Gives: 4

Y ahora:

jQuery es una variable que contiene un objeto jQuery.
$ es un nombre de variable como cualquier otro (a, $b, a$b etc. y no tiene ningún significado especial como en PHP).

var $f = function ($) { return $*$; };
var jQuery = 2;
console.log($f(jQuery)); // Gives: 4

// An inline version
console.log((function ($) { return $*$; })(jQuery)); // Gives: 4