Seleccionar fila con la fecha más reciente por usuario

No hay necesidad de intentar reinventar la rueda, ya que esto es común problema mayor-n-por-grupo. Muy buena solución se presenta.

Prefiero la solución más simplista (ver SQLFiddle, actualizado de Justin) sin subconsultas (por lo tanto fácil de usar en vistas):

SELECT t1.*
FROM lms_attendance AS t1
LEFT OUTER JOIN lms_attendance AS t2
  ON t1.user = t2.user 
        AND (t1.time < t2.time 
         OR (t1.time = t2.time AND t1.Id < t2.Id))
WHERE t2.user IS NULL

Esto también funciona en un caso donde hay dos registros diferentes con el mismo mayor valor dentro del mismo grupo - gracias al truco con (t1.time = t2.time AND t1.Id < t2.Id). Todo lo que estoy haciendo aquí es asegurar que en caso en que dos registros del mismo usuario tienen el mismo tiempo solo se elige uno. En realidad no importa si el criterio es Id o algo más - básicamente cualquier criterio que se garantiza que es único haría el trabajo aquí.

Basado en la respuesta @TMS, me gusta porque no hay necesidad de subconsultas, pero creo que ommiting la parte 'OR' será suficiente y mucho más simple de entender y leer.

SELECT t1.*
FROM lms_attendance AS t1
LEFT JOIN lms_attendance AS t2
  ON t1.user = t2.user 
        AND t1.time < t2.time
WHERE t2.user IS NULL

Si no estás interesado en filas con tiempos nulos puedes filtrarlas en la cláusula WHERE:

SELECT t1.*
FROM lms_attendance AS t1
LEFT JOIN lms_attendance AS t2
  ON t1.user = t2.user 
        AND t1.time < t2.time
WHERE t2.user IS NULL and t1.time IS NOT NULL

Ya resuelto, pero solo para el registro, otro enfoque sería crear dos vistas...

CREATE TABLE lms_attendance
(id int, user int, time int, io varchar(3));

CREATE VIEW latest_all AS
SELECT la.user, max(la.time) time
FROM lms_attendance la 
GROUP BY la.user;

CREATE VIEW latest_io AS
SELECT la.* 
FROM lms_attendance la
JOIN latest_all lall 
    ON lall.user = la.user
    AND lall.time = la.time;

INSERT INTO lms_attendance 
VALUES
(1, 9, 1370931202, 'out'),
(2, 9, 1370931664, 'out'),
(3, 6, 1370932128, 'out'),
(4, 12, 1370932128, 'out'),
(5, 12, 1370933037, 'in');

SELECT * FROM latest_io;

Haga clic aquí para verlo en acción en SQL Fiddle

Prueba esta consulta:

  select id,user, max(time), io 
  FROM lms_attendance group by user;

select b.* from 

    (select 
        `lms_attendance`.`user` AS `user`,
        max(`lms_attendance`.`time`) AS `time`
    from `lms_attendance` 
    group by 
        `lms_attendance`.`user`) a

join

    (select * 
    from `lms_attendance` ) b

on a.user = b.user
and a.time = b.time

Posiblemente puede hacer grupo por usuario y luego ordenar por desc tiempo. Algo como lo siguiente

  SELECT * FROM lms_attendance group by user order by time desc;

Esto funcionó para mí:

SELECT user, time FROM 
(
    SELECT user, time FROM lms_attendance --where clause
) AS T 
WHERE (SELECT COUNT(0) FROM table WHERE user = T.user AND time > T.time) = 0
ORDER BY user ASC, time DESC