Usar Gradle para construir un jar con dependencias

Si desea que la tarea jar se comporte normalmente y una tarea additinal fatJar, use lo siguiente:

task fatJar(type: Jar) {
    classifier = 'all'
    from { configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) } }
    with jar
}

La parte importante es with jar. Sin ella, las clases de este proyecto no están incluidas.

La respuesta de @felix casi me llevó allí. Tuve dos problemas:

1. Con Gradle 1.5, la etiqueta manifest no se reconocía dentro de la tarea fatJar, por lo que el atributo Main-Class no se podía establecer directamente
2. el jar tenía archivos META-INF externos conflictivos.

La siguiente configuración resuelve esto

jar {
  manifest {
    attributes(
      'Main-Class': 'my.project.main',
    )
  }
}

task fatJar(type: Jar) {
  manifest.from jar.manifest
  classifier = 'all'
  from {
    configurations.runtimeClasspath.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) }
  } {
    exclude "META-INF/*.SF"
    exclude "META-INF/*.DSA"
    exclude "META-INF/*.RSA"
  }
  with jar
}

Para agregar esto a la tarea estándar de ensamblar o construir, agregue:

artifacts {
    archives fatJar
}

Editar: gracias a @mjaggard: en versiones recientes de Gradle, cambiar configurations.runtime to configurations.runtimeClasspath

Esto funciona bien para mí.

Mi clase principal:

package com.curso.online.gradle;

import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
import org.apache.log4j.Logger;

public class Main {

    public static void main(String[] args) {
        Logger logger = Logger.getLogger(Main.class);
        logger.debug("Starting demo");

        String s = "Some Value";

        if (!StringUtils.isEmpty(s)) {
            System.out.println("Welcome ");
        }

        logger.debug("End of demo");
    }

}

Y es el contenido de mi compilación de archivos.gradle:

apply plugin: 'java'

apply plugin: 'eclipse'

repositories {
    mavenCentral()
}

dependencies {
    compile group: 'commons-collections', name: 'commons-collections', version: '3.2'
    testCompile group: 'junit', name: 'junit', version: '4.+'
    compile  'org.apache.commons:commons-lang3:3.0'
    compile  'log4j:log4j:1.2.16'
}

task fatJar(type: Jar) {
    manifest {
        attributes 'Main-Class': 'com.curso.online.gradle.Main'
    }
    baseName = project.name + '-all'
    from { configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) } }
    with jar
}

Y escribo lo siguiente en mi consola:

java -jar ProyectoEclipseTest-all.jar

Y la salida es grande:

log4j:WARN No appenders could be found for logger (com.curso.online.gradle.Main)
.
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
log4j:WARN See http://logging.apache.org/log4j/1.2/faq.html#noconfig for more in
fo.
Welcome

Para generar un fat JAR con una clase ejecutable principal, evitando problemas con JARs firmados, sugiero el complemento gradle-one-jar. Un plugin simple que utiliza el proyecto One-JAR.

Fácil de usar:

apply plugin: 'gradle-one-jar'

buildscript {
    repositories {
        mavenCentral()
    }
    dependencies {
        classpath 'com.github.rholder:gradle-one-jar:1.0.4'
    }
}

task myjar(type: OneJar) {
    mainClass = 'com.benmccann.gradle.test.WebServer'
}

Sulution simple

jar {
    manifest {
        attributes 'Main-Class': 'cova2.Main'
    } 
    doFirst {
        from { configurations.runtime.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) } }
    }
}

La respuesta de @ben casi funciona para mí, excepto que mis dependencias son demasiado grandes y obtuve el siguiente error

Execution failed for task ':jar'.
> archive contains more than 65535 entries.

  To build this archive, please enable the zip64 extension.

Para solucionar este problema, tengo que usar el siguiente código

mainClassName = "com.company.application.Main"

jar {
  manifest { 
    attributes "Main-Class": "$mainClassName"
  }  
  zip64 = true
  from {
    configurations.compile.collect { it.isDirectory() ? it : zipTree(it) }
  }
}

Si estás acostumbrado a ant, entonces podrías intentar lo mismo con Gradle también:

task bundlemyjava{
    ant.jar(destfile: "build/cookmyjar.jar"){
        fileset(dir:"path to your source", includes:'**/*.class,*.class', excludes:'if any')
        } 
}